As investigações começaram há três anos, quando o Fisco Paulista identificou indícios de divergência na entrada de produtos comprados pela rede de farmácias. O grupo adquiria mercadorias no estado de Goiás e enviava para empresas de fachada em São Paulo, que não recolhiam o ICMS devido por substituição tributária na entrada desses produtos em território paulista, fraude que pode ter gerado prejuízos milionários aos cofres públicos.

Em apenas uma das empresas a Secretaria da Fazenda deve lavrar um auto de infração de R$ 50 milhões. Caso comprovada a fraude, esse valor deverá ser recolhido pelo real beneficiário do esquema.

Caso a sonegação fiscal seja comprovada, o Fisco irá proceder com a denegação das notas fiscais desses contribuintes e cobrará o valor do imposto devido das empresas que se beneficiaram com a fraude. Além disso, esses estabelecimentos poderão ter a inscrição estadual cassada.

Durante a operação, foram cumpridos 67 mandados de busca e apreensão as empresas e residências ligadas ao esquema de fraudes nas cidades de São José dos Campos, Jacareí, Caçapava, Caraguatatuba, Ubatuba, São Paulo, Araçatuba, Campinas, entre outras.

A Operação Monte Cristo é uma ação conjunta da Secretaria Estadual da Fazenda, a Superintendência da Receita Federal e o Ministério Público, por meio do Grupo de Atuação Especial de Combate ao Crime Organizado (GAECO).

Além disso, o grupo também é investigado pelo Ministério Público, por lavagem de dinheiro. ​