A empresa emissora do MDF-e gerará um arquivo eletrônico contendo as informações do veículo de carga, condutor, previsão de itinerário, valor e peso da carga e documentos fiscais, o qual deverá ser assinado digitalmente, de maneira a garantir a integridade dos dados e a autoria do emissor, com certificado ICP-Brasil.

​​O arquivo eletrônico do MDF-e, será transmitido pela Internet, para o ambiente autorizador (1), que fará uma validação do arquivo (2) e devolverá uma mensagem eletrônica com o resultado da validação, podendo ser: rejeição ou autorização de uso (3). Sendo que só poderá iniciar o transporte, quando tiver a sua autorização de uso.

Para acompanhar o transporte das mercadorias deverá ser impresso, em papel, um documento auxiliar do MDF-e de acordo com leiaute definido neste manual, o Documento Auxiliar de MDF-e – DAMDFE (4).

O documento auxiliar em papel poderá ser substituído por um cartão com RFID no padrão Brasil-ID, conforme legislação específica.

A empresa emitente deverá encerrar o MDF-e no final do percurso. Enquanto houver MDF-e pendente de encerramento não será possível autorizar novo MDF-e, para o mesmo par UF de carregamento e UF de descarregamento, para o mesmo veículo.

Se no decorrer do transporte houver qualquer alteração nas informações do MDF-e (veículos, carga, documentação, motorista, etc.), este deverá ser encerrado e ser emitido um novo MDF-e com a nova configuração.

Entende-se como encerramento do MDF-e o ato de informar ao fisco, através de Web Service de registro de eventos o fim de sua vigência, que poderá ocorrer pelo término do trajeto acobertado ou pela alteração das informações do MDF-e através da emissão de um novo.

O Ambiente Autorizador será o repositório nacional de todos os MDF-e emitidos e disponibilizará os documentos para as Secretarias de Fazenda das Unidades Federadas, RFB e SUFRAMA (6).

O sistema MDF-e implementa o conceito de “evento”, que é o registro de uma ação ou situação relacionada com o manifesto, que ocorreu após a autorização de uso, como o registro de um cancelamento, por exemplo.​