A Secretaria Executiva tem as seguintes competências, conforme Decreto 69.182/2024,​ Capíulo III, Seção I, artigo 3º:

I - coordenar e orientar as unidades no âmbito de suas competências, bem como as entidades vinculadas, apartir das diretrizes e objetivos definidos pelo Secretário da Pasta;

II - formular e implementar estratégias e mecanismos de integração e fortalecimento institucional;

III - supervisionar, no âmbito da Secretaria, a elaboração de relatórios de gestão e de atividades e aconsolidação dos planos e dos programas anuais e plurianuais;

IV - propor projetos e iniciativas relacionados às áreas de atuação da Secretaria;

V - promover estudos e discussões relacionados às áreas de atuação da Secretaria.​

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