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A Diretoria de Controle Interno - DCI possui a atribuição de auxiliar diretamente o secretário em suas funções relacionadas ao controle interno, coordenar e supervisionar as atividades de controladoria, auditoria e ouvidoria, bem como fomentar ações voltadas à defesa do patrimônio público, à prevenção e combate à corrupção e à promoção da ética no serviço público.

I - assistir, direta e imediatamente, o Secretário no desempenho de suas atribuições quanto aos assuntos eprovidências relacionados aos temas do controle interno;

II - coordenar as atividades de controladoria no âmbito da Secretaria;

III - adotar as providências necessárias à defesa do patrimônio público, ao controle interno, à auditoria pública, à correição, à prevenção e combate à corrupção, à promoção da ética no serviço público, ao incremento da moralidade e da transparência e ao fomento ao controle social no âmbito da Secretaria;

IV - definir diretrizes, coordenar, supervisionar ações e prestar orientação aos servidores nos temas relacionados a conformidade interna no âmbito da Secretaria;

V - promover ações de disseminação da cultura de transparência da gestão no âmbito da Secretaria;

VI - receber, analisar, acompanhar e despachar aos órgãos e unidades competentes os expedientes e relatórios de auditoria e de fiscalização;

VII - elaborar e analisar estudos técnicos para aperfeiçoamento das atividades relacionadas à conformidade interna​.

A integra das atribuições da Diretoria de Controle Interno , Coordenadoria e suas Divisões  pode ser consultada no Decreto n° 69.182/2024, Capítulo III, Seção I, artigo 12 e Resolução SFP 03/2025, Subseção II, artigos 9 e 10.